Навчально-науковий інститут харчових технологій створено по ініціативі ректора Закладу вищої освіти "Подільський державний університет" професора Володимира Іванишин та рішенням Вченої ради університету від 1 листопада 2022 року.
Метою діяльності інституту є підготовка висококваліфікованих фахівців у сфері виробництва та управління якістю і безпечністю харчових продуктів; виробництва і переробки продукції тваринництва та фахівців, здатних застосовувати науково-дослідний та професійний підхід до вирішення виробничих питань рентабельного, енергозберігаючого і екологічно-безпечного виробництва і переробки продукції тваринництва.